Генеральная ассамблея является высшим органом правления Еврейского агентства. Ассамблея - ежегодное собрание, проходящее в Израиле и наиболее полно и широко представляющее еврейский народ. В ассамблее участвуют 518 делегатов, избранных по следующему принципу: 259 представителей (50%) Всемирной сионистской организации, 155 представителей (30%) Объединенных еврейских федераций и 104 представителя (20%) Основного фонда (Керен а-есод).

Ассамблея продолжается три дня. Перед ее делегатами выступают президент государства Израиль, премьер-министр и глава оппозиции. Делегаты участвуют в заседаниях и дискуссиях, обсуждая глобальные вопросы, стоящие перед еврейским народом, как-то: демографию, укрепление связей между евреями диаспоры и Израилем, антисемитизм, еврейскую самоидентификацию молодого поколения, репатриацию и участие в еврейской общественной жизни. Перед делегатами выступают религиозные, духовные и политические лидеры еврейского мира и представители науки.

Совет попечителей

Совет попечителей сформирован из глав еврейских общин, представителей сионистских и еврейских организаций всего мира наряду с представителями Израиля.

Совет попечителей собирается не менее трех раз в год, он является центральным органом, определяющим политику Еврейского агентства. 123 члена совета попечителей (включая трех постоянных почетных членов) играют ключевую роль в руководстве Еврейским агентством, контролируют бюджетные средства и деятельность организации в целом. Члены Совета попечителей избираются на двухлетний срок в той же пропорции, что и Генеральная ассамблея: 60 представителей (50%) Всемирной сионистской организации, 36 представителей (30%) Объединения еврейских общин и 24 представителя (20%) Основного фонда (Керен ха-Йесод). 

Совет попечителей, в рамках которого действуют более тридцати комиссий, определяет стратегию Еврейского агентства,  руководит его работой, контролирует и направляет его деятельность. Все органы и должностные лица Еврейского агентства действуют в соответствии со стратегией, утвержденной Генеральной ассамблеей и Советом попечителей, и подотчетны Совету попечителей. В период между сессиями Генеральной ассамблеи члены Совета попечителей обладают абсолютными полномочиями действовать от имени Еврейского агентства и определять его политику.

Совет попечителей - это представительный орган Еврейского агентства, олицетворяющий глобальную еврейскую взаимопомощь. В него входят представители еврейских федераций Северной Америки, лидеры религиозных течений и главы всемирных еврейских организаций, делегаты международных сионистских организаций, мэры израильских городов, общественные и политические деятели  Израиля, а также руководители организаций, входящих в Основной Фонд (Керен ха-Йесод) в различных странах мира.