פרשת פרה אדומה שבראש פרשתנו (יט, א-כב), היא מן הסתומות שבתורה, וכבר אמרו רבותינו במדרש (בכמה מקומות) שהיא מן הדברים שאין חוכמתו של חכם החכמים יכולה להבינה.

ילקוט שמעוני רמז תשנט:

 "זאת חוקת התורה": רבי יצחק פתח (קהלת ז, כג): "כל זה נסיתי בחכמה, אמרתי אחכמה והיא רחוקה ממני".   אמר שלמה: על כל התורה כולה עמדתי, ועל פרשה זו של פרה- כיון שהייתי מגיע בה, הייתי דורש בה, חוקר בה ושואל בה, "אמרתי אחכמה-והיא רחוקה ממני".

אף אנו לא נתיימר לבוא עד חיקרה. נביא בזה רק מעט מן המעט ממה שאמרו בה חכמים.

על דרך רציונלית לגמרי מנסה ר' יוסף בכור שור, מבעלי התוספות, לפרש מצווה זו (יט,ב):

"ויקחו אליך פרה אדומה": לפי שלא יהו בני אדם מצויין אצל מתיהם מתוך חיבתם ויצטערו יותר מדאי. אי נמי שלא יהו דורשים אל המתים ובעלי האוב (דברים יח, יא), החמיר הכתוב בטומאת מת יותר מכל טומאות שבעולם לעשותו אבי אבות הטומאה, שמטמא אדם וכלים ואף מטמא באוהל (משנה כלים א, ד) ועושה חרב כחלל (שבת קא, ע"ב), ואף מפני כבוד הבריות שלא יעשו מעורם נודות ושטיחין, ומעצמותיהם כלים להשתמש בהם כמו בעור בהמות ועצמות, וזהו גנאי לבריות. וכן אמרו רבותינו (חולין קכב, ע"א): "מפני מה עור אדם טמא? שלא יעשה אדם עור אביו ואמו שטיחין ... ולפי חיבתן- טומאתן" (=כל החביב יותר החמירו בטומאתו- משנה ידים ד, ו)...וכן לעניין טהורתם החמירו עליהם לבקש אפר פרה אדומה, שהיא יקרה בדמים.

ונראה לנו כל זה- כטעם יחיד לפרשת פרה אדומה- פשטני רציונלי יתר על המידה, שלא בהתאם לרזיות הפרשה כולה, ובוודאי שאין בזה לפרש פרטי עשייתה המעוטפים ברזיות.

בדרך אחרת של גישה אליגורית- מדרשית הלכו אחרים. נביא בזה קטעים מתוך דבריו הארוכים של ר' עובדיה ספורנו בענייננו (יט, ב):

"זאת חוקת התורה": מעיקרי ההעלם (=התעלומה, הסוד ) בזה הוא שהיא מטמאה את הטהורים ומטהרת את הטמאים. אומנם בהביננו אל כל המצווה אלי דבר יגונב ונקח שמץ מנהו (המליצה שאולה מאיוב ד, יב)... שמעיקרי הפרה הוא שתהיה אדומה בשלימות, וכבר ביאר הנביא, שהחטא נמשל לאדום, באומרו (ישעיה א, יח): "אם יהיו חטאיכם כשנים- כשלג ילבינו".

ראוי להתבונן, שבהיות "כל אמרת אלוה צרופה" (משלי ל, ה), היא (=התורה) בלי ספק מישרת המעשים אל המיצוע, כי כל אחד משני הקצוות נמאס? ואין דרך נאות להישיר את הנעקש דרכים ולהשיבו אל היצוע זולתי בהטותו אל קצה הפכו?

ראוי להתבונן מה שאמרו ז"ל (תנחומא מצורע ג) שעץ ארז יורה על הגאווה והאזוב יורה על הפכה ובהיות שני תולעת עם שניהם, יורה ששניהם חטא... וכבר אמרו (יומא כב, ע"ב) שנענש שאול על שלא הקפיד על כבודו... אם כן, שעם היות המצווה חוקה ואין להרהר אחריה... ולה טעם נשגב בלי ספק, נודע למלך שציווה אותה, הנה יש בה איזה רמז לדרך התשובה הצריכה לכל חוטא, שיטה אל קצה היפך מעשיו...למען ישיג דרך המיצוע ויטהר. וזה הדרך עם היותו טוב ומטהר לחוטא, הוא אומנם מגונה ורע ומטמא כל לב טהור.

אך בדרך אחרת לגמרי, רחוקה מהסבר אליגורי, הלך ר' יוחנן בן זכאי ודבריו לנו לימוד גדול. והדברים נשנו ונשלשו בפסיקתא (יד, ה), בתנחומא (חוקת ח) ובבמדבר רבה (יט, ח):

שאל עובד כוכבים את רבן יוחנן בן זכאי: אלין עובדיא דאתון עבדין (=מעשים אלה שאת עושים בפרה אדומה) נראין כמין כשפים ! אתם מביאים פרה ושורפין אותה וכותשין אותה ונוטלין את אפרה : ואחד מכם מיטמא למת, מזין עליו שתיים ושלוש טיפין, ואתם אומרים לו : טוהרת! אמר לו (ר' יוחנן בן זכאי): ולא נכנסה בך רוח תזזית(=רוח רעה, שיגעון) מימיך? אמר לו: לאו.(אמר לו): ראית אדם שנכנסה בו רוח תזזית? אמר לו: הן. אמר לו: ומה אתם עושין לו? אמר לו: מביאין עיקרין (=שורשים) ומעשנין תחתיו ומרביצים עליה מים, והיא (=הרוח) בורחת. אמר לו: בורחת. אמר לו : ישמעו אוזניך שאתה מוציא מפיך ! כך הרוח הזה רוח טומאה הוא... מזין עליו מי נידה והוא בורח! לאחר שיצא אמרו לו תלמידיו: רבינו, לזה דחית בקנה, לנו מה אתה אומר? אמר להם: חייכם, לא המת מטמא, ולא המים מטהרין, אלא אמר הקדוש ברוך הוא חוקה חקקתי, גזירה גזרתי , אי אתה רשאי לעבור על גזירתי.

הנוכרי זקוק היה לפירוש רציונלי: מין מחלה היא זו הנקראת בתורה "טומאה", ואין כל עניין הזאת אפר פרה אלא מין תרופה לרפא בה את המחלה. אולם לתלמידיו, לומדי התורה ומקבלי עולה, יכול היה לומר את האמת. אין הטומאה נתונה בטבע עצמו, לו במת ולא בנוגע בו, אין היא כוח דימוני או מזיק ממשי הנובע ממהותו של המת, ואין אפר פרה או מי חטאת משהו המטהר בטבעו, ואין חומרו גדוש כוחות מזקקים ומצרפין, אלא מצות הה', היא ורק היא הקובעת את טומאת המת ואת טוהרת אפר הפרה, ככי המצוות הן הן המצרפות את האדם.

 ולואי ולא היה חלקנו בין המחפשים טעמים רציונליים בדברים שאין כוח הרציו חל עליהם, ויהי חלקנו בין תלמידי ר' יוחנן בן זכאי המקבלים על עצמם עול חוקים, כעול שאר המצוות.