המתכנס לפחות שלוש פעמים בשנה, הוא הגוף המרכזי לקביעת מדיניותה של הסוכנות היהודית. חברי חבר הנאמנים ממלאים תפקיד חיוני בהנהגת הסוכנות, בפיקוח על תקציבים ועל פעולות. חבר הנאמנים, הפועל באמצעות ועדות קובע את מדיניותה של הסוכנות היהודית לארץ ישראל ומנהל, מפקח, מכוון ושולט על פעולותיה ופעילויותיה. חבר הנאמנים הינו הגוף הייצוגי של הסוכנות היהודית שכן הוא מייצג את השותפות היהודית הגלובלית כאשר הוא מורכב מנציגי פדרציות בארצות הברית וצפון אמריקה, ממנהיגות הזרמים הדתיים וראשי הארגונים היהודיים העולמיים הממוקמים בארה"ב, מנציגי ארגונים ציוניים עולמיים, מראשי ערים בישראל, מנציגי החברה הישראלית, מנציגי המערכת הפוליטית בישראל וממנהיגי מגביות קרן היסוד ברחבי העולם. ייצוג רחב זה מבטיח כי יהודים ברחבי העולם יקבלו החלטות בנושא תכניות הסוכנות היהודית, בתיאום ובהבנה עם ממשלת ישראל.