לצד קריירה מוצלחת, רפאל נאסר הקדיש את חייו למטרות קהילתיות רבות.
הוא סיים את לימודיו בקרן ארמנדו אלווארס פנטאדו המוערכת בסאו פאולו עם תואר במנהל עסקים. לאחר מכן הלך בדרכו של סבו ואביו, ועסק בתחום הטקסטיל במשך למעלה מ-30 שנה. רפאל מנהל את Grife Têxtil.

הוא תמיד אהב להחזיר לקהילה. מגיל חמש למד בבית הספר היהודי קולג'יו איאבנה, והשתלב באופן פעיל בתנועת הנוער המקומית, נצח ישראל. בהדרכת אביו פיתח תשוקה לחיים יהודיים ולתנועה הציונית.

בהשראת מבצע משה, בימי הלימודים באוניברסיטה הצטרף לקרן היסוד ועבד בוועדת גיוס כספים עם המנטורית ואשת סודו אתי רפפורט.

רפאל הוא סגן נשיא Congregação e Beneficência Sefardi Paulista ‒ בית יעקב, והוא שימש בתפקידים כמו המזכיר הכללי של הפדרציה הישראלית של מדינת סאו פאולו.

רפאל הוא אב לארבעה. בתו השנייה, סלי, עלתה לארץ ולמדה משפטים באוניברסיטה העברית בירושלים. מוסר העבודה, התשוקה והמחויבות הבלתי נלאית של רפאל נאצר למצוינות הפכו אותו למנהיג מכובד הן בתעשיית הטקסטיל והן בקהילה היהודית.