כך נהג בסוגית "מחיית עמלק" (מצווה מן התורה).

בחלק ב' של "אורות הקודש" (שנערך על ידי תלמידו המובהק דוד הכהן הנזיר) הוא כותב פלא פלאים שכזה.

"כשאנו מתבוננים על האגדה האומרת "מבני בניו של המן למדו תורה בבני ברק" (גיטין נ"ז ב) אנו חודרים לעומק החסד, שאין לנו להסחף בזרם של שנאה גם על האויב היותר נורא (עיין פרי צדיק סימן ד בד"ה ובגמרא) ומזה אנו דנים דין קל וחומר לאותם שהם גורמים לנו צער בדעותיהם וענייני הריסה שלהם, בשביל מטרות טובות לפי דעתם, וקל וחומר כשהמטרות הטובות הן יוצאות מן הכוח אל הפועל, ועושות דברים טובים ומתוקנים. אף על פי שעם הטוב יש בו גם כן רע וקלקול אין הרע מבטל את הטוב".

מחיית עמלק בעיניו של הראי"ה הינה מורכבת מאד והוא מבהירה:

"מידת האהבה השרויה בנשמת הצדיקים, היא כוללת את כל הברואים כולם, ואינה מוציאה מן הכלל שום דבר ולא עם ולשון ואפילו עמלק אינו נמחה כי אם "מתחת לשמיים" (שמות י"ז י"ד; דברים כ"ה -י"ט) אבל על ידי הזיכוך מתעלה הוא לשורש הטוב אשר הוא מעל לשמיים ונכלל הוא באהבה העליונה אלא שצריך כח גדול וטהרה עצומה ליחוד נשגב זה"

(הרב אברהם יצחק הכהן קוק, מדות הראי"ה,ע"מ צד"ה ערך אהבה סעיף ו)